Les vaccins sont sécurisés. Tout vaccin homologué est soumis à des tests rigoureux au cours de plusieurs phases d’essais avant d’être approuvé, et réévalué régulièrement une fois qu’il est commercialisé. Les scientifiques surveillent également en permanence les informations provenant de plusieurs sources pour détecter tout signe qu'un vaccin peut provoquer un événement indésirable. La plupart des réactions au vaccin sont généralement mineures et temporaires, comme une douleur au bras ou une fièvre légère. Dans les rares cas où un effet indésirable grave est signalé, il fait immédiatement l'objet d'une enquête par le Centre National de Pharmacovigilance et de Matériovigilance.

Il est beaucoup plus susceptible d’être sérieusement atteint par une maladie évitable par un vaccin que par le vaccin lui-même. Par exemple, dans le cas de la poliomyélite, la maladie peut provoquer une paralysie, la rougeole peut causer une encéphalite et la cécité, et certaines maladies évitables par la vaccination peuvent même entraîner la mort. Bien que toute vaccination grave ou tout décès causé par un vaccin soit surdimensionné, les avantages de la vaccination l'emportent largement sur les risques, et de nombreuses autres maladies et décès surviendraient sans vaccin.